盡管孤獨(dú)癥的成因仍然撲朔迷離，但學(xué)界形成的共識(shí)是，孤獨(dú)癥主要是由大腦結(jié)構(gòu)或功能上出現(xiàn)異常所導(dǎo)致，這種病癥的形成是遺傳和環(huán)境共同作用的結(jié)果。

一、遺傳因素

研究發(fā)現(xiàn)，孤獨(dú)癥的同卵雙生子同病率為36-95%，異卵雙生子同病率為10-20%，同胞患病率為35%，遠(yuǎn)高于一般群體，存在家族聚集現(xiàn)象。家族成員中即使沒(méi)有孤獨(dú)癥患者，也可以發(fā)現(xiàn)存在類似的社交或認(rèn)知功能缺陷患者。例如，孤獨(dú)癥性狀或廣泛孤獨(dú)癥表型（BAP）、語(yǔ)言發(fā)育遲滯、精神發(fā)育遲滯、學(xué)習(xí)障礙、精神障礙和顯著內(nèi)向等。

大量研究集中于查找孤獨(dú)癥患者存在的基因異常，根據(jù)突變來(lái)源，可以分類為：①遺傳性基因突變，即突變基因由父母?jìng)鬟f下來(lái)；②新發(fā)基因突變非父母?jìng)鬟f，而是胚胎發(fā)育過(guò)程中個(gè)體細(xì)胞發(fā)生了基因突變。根據(jù)突變性質(zhì)，可以分為點(diǎn)突變、缺失和重復(fù)、染色體基因拷貝數(shù)量變異；又可以根據(jù)突變頻率，分為罕見(jiàn)突變，通常為確定的單基因致病性突變；常見(jiàn)變異，意指這些變異在正常群體中也存在。新近有學(xué)者認(rèn)為，多個(gè)常見(jiàn)基因變異形成組合，也可能致病，其本質(zhì)可能就是多基因遺傳。

目前，約20%孤獨(dú)癥的病因可以直接用上述單個(gè)、罕見(jiàn)、遺傳性或新發(fā)基因突變以及CNV解釋。例如，脆性X染色體綜合征的FMR基因，這些病例也往往被稱為繼發(fā)性孤獨(dú)癥；而80%以上的孤獨(dú)癥病因無(wú)法用上述基因異常解釋，屬于病因未明的原發(fā)性孤獨(dú)癥。這些病例中約40%可能可以用常見(jiàn)基因變異解釋。這意味著基因異?；蜃儺惪梢越忉?0%以上的孤獨(dú)癥病因。2013年7月，“孤獨(dú)癥之聲”發(fā)表了“萬(wàn)人孤獨(dú)癥基因組研究計(jì)劃”的首個(gè)結(jié)果，通過(guò)使用全基因組測(cè)序，可以為孤獨(dú)癥及相關(guān)癥狀的診斷和個(gè)性化治療提供前所未有的指導(dǎo)，但病因方面的研究還沒(méi)有實(shí)質(zhì)性的突破。

二、免疫生化因素

研究發(fā)現(xiàn)，免疫功能障礙可能與孤獨(dú)癥的發(fā)生存在關(guān)聯(lián)。有學(xué)者提出了病毒感染學(xué)說(shuō)，認(rèn)為免疫功能缺乏的個(gè)體在胎兒期或新生兒期增加了病毒感染的機(jī)會(huì)，這些易感病毒引起胎兒或新生兒中樞神經(jīng)系統(tǒng)的永久性損害，從而導(dǎo)致了這種病癥。也有研究發(fā)現(xiàn)孤獨(dú)癥的發(fā)生與神經(jīng)系統(tǒng)中神經(jīng)遞質(zhì)失常有關(guān)。

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