認知行為療法（CBT）可以減少孤獨癥兒童的焦慮和恐懼。

孩子對某些活動異常癡迷，同時也會對其他一些事情異常恐懼、感到無法忍受。前面我們提到過，如何打破孩子的自我刺激行為。同樣，我們也可以逐步系統(tǒng)地讓孩子適應最開始讓他感到恐懼的事物，直到他不再恐懼。

認知行為療法（CBT）已被證實對某些孤獨癥兒童有幫助。研究表明，CBT通常能有效減少焦慮、社交恐懼和重復行為。通常，CBT適用于大一點的小學生及成年人，尤其是對語言能力較好的孩子干預效果最好，因為大多數(shù)情況下需要治療師和患者之間進行一些對話。在大多數(shù)CBT項目中，都需要患者詳細解釋自己遇到的問題，然后在這些具有挑戰(zhàn)性的事情上，幫助患者學會從不同的角度去看待問題。

認知行為療法（CBT）可以以這樣的方式實施：要求孩子把自己害怕的事情列出來，并且把它們按照孩子的恐懼程度從低到高或從高到低排序，然后讓孩子逐步嘗試做這些事情并給予獎勵。例如，有一個孩子特別怕狗，他把害怕和狗互動的情形列出來，并按照恐懼程度從低到高進行排列。排在最前面的（恐懼程度最低的）情形可能是看一部關于狗的電影；排在最后面的（恐懼程度最高的）情形是和狗一起玩。

當孩子與孤獨癥治療師或父母在一起時，他可以從列表的最前面開始，并“重新思考”引起恐懼的情形。在這種情況下，他可以學會用新的角度去思考，比如用“在電影中看到狗是完全無害的”這個想法，來替代“如果我在電影中看到一條狗，那可能很危險，我處理不了”的想法。如果他成功觀看了關于狗的電影（時長為幾分鐘）而沒有出現(xiàn)恐懼，那他就會得到獎勵。這樣重復幾次后，治療將繼續(xù)進行，開始下一個對他來說可怕的任務。例如，去一個公園玩，且讓狗在離他很遠的地方玩，但保持在他視線內(nèi)。大多數(shù)情況下醫(yī)生還需要獲取孩子焦慮或恐懼的程度，以便更有針對性地采取措施。