關(guān)于自閉癥兒童的免疫系統(tǒng)失調(diào)，文獻中有大量記錄。

免疫失調(diào)會使自閉癥兒童容易感染慢性炎癥和出現(xiàn)自身免疫反應(yīng)，可能還會影響任何的器官系統(tǒng)，而對大腦和胃腸道的影響似乎是最嚴(yán)重的。這些免疫系統(tǒng)問題目前并沒有被追蹤到一個單一的潛在的異常因素，不同個體的發(fā)病原因各不相同。正如有基于行為特征的亞群一樣，自閉癥譜系障礙中也有與免疫異常類型和嚴(yán)重程度相關(guān)的亞群。

自閉癥兒童常伴有異常的免疫功能，包括低自然殺傷細胞功能和T輔助細胞類型1（TH1）/T輔助細胞類型2（TH2）（TH1細胞參與細胞免疫和遲發(fā)性過敏性炎癥反應(yīng)；TH2輔助B細胞分化為抗體分泌細胞。它們對機體的特異性免疫與非特異性免疫均有重要的調(diào)節(jié)作用）。

這意味著，受影響的自閉癥兒童更容易發(fā)生過敏，同時他們雖然能產(chǎn)生抗體但不能殺死病菌，所以常有慢性炎癥和自身免疫反應(yīng)。他們中的許多人有濕疹、流鼻涕、耳朵感染的癥狀一似乎一直在生病。相反，也有些孩子從不生病。哪怕家里的其他人都生病了，他們卻很好，這表明他們有一個超級免疫系統(tǒng)，這些孩子可能有自身抗體。

兒童可能在出生時、圍產(chǎn)期及以后感染病毒。由于TH2反應(yīng)增加和免疫抑制，自閉癥兒童會出現(xiàn)病毒感染的癥狀。通常不屬于急性感染的常見癥狀有鼻塞、發(fā)燒、咳嗽、惡心和嘔吐。慢性病毒感染會導(dǎo)致其他癥狀出現(xiàn)，如低耐力、皮疹、長期或間歇性低燒，而且孩子易疲勞、易怒，在消除過敏后有慢性充血癥狀。

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